Il Centro fu istituito nel 1992, quando si riunirono in una unica struttura i Musei, che fino a quel momento erano stati divisi tra i vari Dipartimenti universitari. Sono 5 le esposizioni permanenti che ne fanno parte: il Real Museo Mineralogico, il Museo Zoologico, il Museo di Antropologia, il Museo di Paleontologia, il Museo di Fisica. Sono tutti in via Mezzocannone 8. Il primo custodisce, tra l’altro, minerali raccolti nelle più importanti miniere europee di fine Settecento ed Ottocento. Tra esse le manganiti originarie della Sassonia, le fluoriti del Cumberland, le calciti del Derbyshire e della Sassonia. Il Museo Zoologico è un vero e proprio archivio della biodiversità. Espone, tra gli altri, uno scheletro completo di Balena Franca Boreale ed un esemplare di Foca Monaca proveniente dal Golfo di Napoli. Nella esposizione di Antropologia spiccano, tra i vari reperti, due crani di età preistorica, quattro mummie peruviane, lo scheletro umano del Paleolitico inferiore che proviene da Grotta Romanelli, in Puglia. Nel Museo di Paleontologia una delle grandi attrattive è l’Allosaurus fragilis, un dinosauro carnivoro che fu rinvenuto negli Stati Uniti e che fu acquistato nel 1996 dalla Federico II. Reperto spettacolare e di grande interesse scientifico, perché in gran parte completo. Il Museo di Fisica, che è stato istituito nel 2000, raccoglie circa settecento strumenti, gran parte dei quali di origine Ottocentesca.
